Borba é povoação antiquíssima cuja fundação alguns autores atribuem aos Galo-Celtas. Esteve sob o domínio romano, godo e árabe, sendo conquistada por D. Afonso II em 1217 e povoada pelo mesmo rei. Em 15 de junho de 1302 D. Dinis concedeu-lhe o primeiro foral, constituindo-se Borba como concelho e libertando-se do de Estremoz. Teve novo foral dado por D. Manuel I em 1 de junho de 1512. Foi também D. Dinis quem promoveu o amuramento acastelado da povoação. O castelo dispunha-se em planta quadrilateral e a sua construção obedeceu a sistemas corrente das fortificações similares da região. De grossa alvenaria, tinha amuramento espesso em altura normal, coroado por merlões góticos e de largo adarve que corria a muralha. O fosso, pouco profundo, desapareceu com a construção do casario que se foi desenvolvendo na face exterior. Pelos inícios do séc. XVIII, o governo militar da província determinou envolver a vila por um campo entrincheirado, com fossos, estacaria e estradas cobertas, obra que foi apenas esboçada e de que ainda existiam vestígios em 1766. Do castelo, edificado ou remodelado do séc. XIII, conserva-se a torre de menagem e duas portas, a de Estremoz e a do Celeiro.
Borba foi lugar de muitos acontecimentos notáveis da nossa história. Um dos principais foi o enforcamento do governador do castelo, Rodrigo da Cunha Ferreira, e de mais dois capitães portugueses da guarnição, no verão de 1662, após a invasão vitoriosa do exército de D. João da Áustria. Este terá mandado cometer o atroz ato como vingança pela morte de três capitães, um sargento e 20 soldados das suas forças, além de 50 feridos. A memória dos povos guardou a efeméride na tradição toponímica, com a "Rua dos Enforcados", que passou depois a chamar-se Rua Direita. Não contente com a sua represália, D. João da Áustria mandou ainda incendiar os Paços do Concelho e o Cartório Municipal, perdendo-se todos os manuscritos antigos da história de Borba.
Em 1383-1385, também Borba se viu envolvida nas campanhas da Independência, com destaque para os acontecimentos transcorridos durante a ocupação dos aliados ingleses do Duque de Lencastre e a cilada de Vila Viçosa, onde perdeu a vida Fernão Pereira, irmão de D. Nuno Álvares Pereira, que fizera quartel general em Borba e foi seu primeiro donatário, por mercê de D. João I. Em 1483, D. Afonso Henriques, filho de D. Fernando da Trastâmara, senhor de Barbacena, foi amerceado por D. João II com a alcaidaria de Borba, então confiscada aos duques de Bragança. Em 1665, Borba esteve ocupada por três regimentos de infantaria e um terço de cavalaria, e a população sofreu novamente o pânico da terrível invasão, que desmoronou no campo de Montes Claros, com a derrota dos exércitos de Filipe IV. Aqui, onde passava a estratégica estrada entre Vila Viçosa e Estremoz, o Marquês de Caracena tentou impedir que as tropas portuguesas acudissem Vila Viçosa, onde os espanhóis pretendiam destruir o Palácio dos Duques de Bragança, símbolo da nova dinastia. As tropas portuguesas, comandadas pelo Marquês de Marialva e pelo Conde das Galveias conseguiram o feito de derrotarem o mais poderoso exército da Europa, mostrando ao Mundo que uma reconquista de Portugal por Espanha seria uma tarefa dispendiosa, demorada e mesmo impossível. Assim, graças a esta batalha, a Paz com Espanha foi assinada em 1668, iniciando uma nova era de prosperidade, otimismo e riqueza para Portugal.
Em 1708, o general de artilharia João Furtado de Mendonça, governador da cidade de Elvas, era comendador de Borba. Em junho de 1711, a vila sofreu os incómodos da ocupação militar do general espanhol D. Domingos de Ceo, que impôs à população um elevado imposto de guerra. Durante a Guerra Peninsular levantou-se em Borba um grupo de milicianos que figurou na defesa de Évora, em 29 de junho de 1808. Pouco depois, entre 1809 e 1811, na vila se alojou uma brigada escocesa do exército anglo-luso de Beresford.
O ano de 2009 marcou um novo capítulo na história do concelho, com a elevação de Borba a Cidade. No dia 12 de junho, os deputados da Assembleia da República votaram, por unanimidade, a elevação de Borba à categoria de cidade, tornando-se na jovem cidade do Alentejo e do país.