Este convento foi fundado em 1407 como uma pequena ermida. O atual edifício foi construído, entre 1574 e 1596, pelos frades da Ordem de São Paulo, primeiro ermitão.

Esta ordem tinha a sua sede no Convento de São Paulo da Serra de Ossa. Em 1578 este convento foi batizado com o nome de Nossa Senhora da Luz devido a estar localizado no vale chamado de Montes Claros. A Casa de Bragança protegeu este novo convento desde o início tendo aí sido enterrada a duquesa D. Leonor, assassinada às mãos de seu marido o Duque D. Jaime. Aí esteve sepultada entre 1512 e 1590, quando foi trasladada para o Convento da Esperança de Vila Viçosa.

No reinado de D. João V, entre 1714 e 1742 recebeu uma grande intervenção decorativa, datando deste período os painéis de azulejos da capela mor que vieram de Lisboa. Em 1834, o Convento foi extinto e passou para as mãos de privados que mantiveram os elementos mais notáveis sem grandes adulterações.